16 Şubat 2017 Perşembe

BLAST Nedir?

Yazılarımın okunma sayısına ve bana gelen sorulara baktığımda temel konuların daha ilgi çektiğini gördüm. Bu yüzden bundan sonrasında daha temel konularda yazı yazmayı planlıyorum. Sizler de merak ettiğiniz konuları yorum atarak ya da buradaki facebook sayfasından mesaj atarak sorabilirsiniz elimden geldiği kadar o konularda yazı yazmaya çalışacağım.

11 Şubat 2017 Cumartesi

FASTQ ve VCF Nedir?

Özelikle yeni nesil sekanslama verileri ile uğraşanlar için iki temel veri tipinden bahsedeceğim. Bunlar FASTQ ve VCF formatları. İkiside metin tabanlı formatlardır. Detaylı bir şekilde inceleyecek olursak:

22 Ekim 2016 Cumartesi

Fasta nedir?

Fasta formatı nükleotit yada protein sekansı(dizisi) içeren bir metin dosyasıdır. Bu format aynı zamanda sekans isimlerini ve sekansa ait bilgileri de içerebilir. Bu format temel olarak FASTA yazılım paketlerinde kullanılmaktayken şuan biyoinformatik alanında bir standart haline gelmiştir.

15 Eylül 2016 Perşembe

Amplikon Görüntüleyici

Eğer Multipleks PCR yapmak istiyorsanız primer tasarımı oldukça zordur. Primerlerin birbirleri ile uyumlu bir şekilde tasarlanması bu işin en zor kısmı iken bunların bulunduğu yerleri ayarlamak ve istenilen bölgelerin hepsini içermesini sağlamak ayrı bir sorundur. Bugün bunlardan ikinci soruna yönelik kendi geliştirdiğim bir araçtan bahsedeceğim.

30 Ağustos 2016 Salı

Ekzon İndirme Aracı

Herkese Merhaba, 

Son yazımdan bu yana oldukça uzun zaman geçmiş. Hem okul hayatım hemde iş hayatım yüzünden yazmaya pek fırsatım olmadı. Önümüzdeki süreçte yazı sayısını arttırmayı düşünüyorum. İstediğiniz konuları yorum kısmında belirtirseniz onlara da yer vermeye çalışırım. Bu yazımda geliştirmiş olduğumuz bir web aracından bahsedeceğim.

Bir Biyoinformatikçinin Arduino Eğitiminde Ne İşi Var?

Öncelikle Arduino nedir diye soracak olursanız sizleri böyle alalım? Aslında katıldığımız etkinlik üzerinden bir hayli zaman geçti ama yine de böyle bir etkinliği anlatmadan olmaz. 

18 Ekim 2015 Pazar

Primerler için TM Değeri Hesaplama

Primer tasarımı korkunç ve karmaşık gibi görünse de aslında dikkat edilmesi gereken noktalar bilindiğinde oldukça kolaylaşıyor. Hatta artık bu işi bizim yerimize yapabilecek bir çok araç biyoinformatik araç bulunmaktadır. Tabi ki tasarımın arkasında yatan mekanizmayı anlamadan bu araçları kullanmaya kalkmanın sonucu büyük ihtimalle bir hüsran olacaktır. Bu yazımda ben primer tasarımından bahsetmeyeceğim. Onun yerine primer tasarımında önemli faktörlerden biri olan TM sıcaklığının hesaplanmasından bahsedeceğim. Primer tasarımı konusunda bir şeyler öğrenmek istiyorsanız sizi böyle alalım. TM sıcaklığı hala ilginizi çekiyorsa aşağıdan devam edebilirsiniz.