6 Ağustos 2018 Pazartesi

Metagenomik Nedir?

Dünyayı mikroorganizmaların yönettiğini söylemek yanlış olmaz. Her ne kadar onları görmesek de mikroorganizmalar yaşamın her noktası için gereklidir. Biyosferdeki her süreçte mikroorganizmaların muhteşem etkisini görebiliriz. Yaşamın devamı için gerekli olan elementlerin biyolojik olarak ulaşılabilir hale geldiği kimyasal döngülerde bir çok mikroorganizma türü görev almaktadır. Bitki ve hayvanlar için bazı besin ve vitaminlerin oluşturulmasında yine mikroorganizmalar baş rolde bulunmaktadır. Mikroorganizmalar, fermentasyon ve diğer doğal süreçlerle birlikte  bir çok gıdayı zenginleştirmektedirler. Ayrıca çevrede bulunan toksinlerin detoksifiye edilmesinde petrol ve kimyasal kirliliklerinin temizlenmesinde, bağırsakta besinlerin sindirilmesinde yine mikroorganizmalar görev almaktadır. Bunların yanı sıra bir çok doğal süreçte mikroorganizmalar bulunmaktadır.

Mikroorganizmalar bu görevleri genellikle karmaşık topluluklarla birlikte gerçekleştirmektedir. Fakat tarih boyunca mikroorganizmaların incelenmesinde karmaşık topluluklar yerine saf kültürlere odaklanılmıştır. Teknolojinin gelişmesi ile birlikte karmaşık topluluklar daha kolay bir şekilde incelebilir hale gelmiştir ve Metagenomik denilen yeni bir çalışma alanı ortaya çıkmıştır.

Genomik gibi metagenomik de kendisi ile ilgili bir çok yaklaşımı ve yöntemi içeren bir dizi araştırma alanıdır. Metagenomik kelimenin tam anlamıyla "genomun ötesinde" anlamına gelmektedir. Mikrobiyal toplulukların genetik meteryalinin analizine olanak sağlamaktadır.

Metagenomik ekim sürecine bağlı olmayan bir çalışma alanıdır. Doğal çevrelerinden alınan bir mikroorganizma topluluğu kültürlemeye gerek kalmadan doğrudan incelenebilmektedir. Bir ortamda bulunan organizmalar kültürlenmek istenildiğinde ortamdaki mikroorganizmaların yaklaşık olarak %95-97'lik bir kısmı kaybedilmektedir. Metagenomik sayesinde kültürlenemeyen organizmaların da çalışılmasına olanak sağlamaktadır.  Metagenomik ile tek bir gene dayalı yöntemlerin aksine çok daha fazla bilgi sağlanır. Biyoçeşitlilik daha ayrıntılı olarak incelenebilir. Organizmalardan elde edilen toplam DNA daha sonra PCR ile çoğaltılmadığı için PCR'ın getirdiği dezavantajlar yaşanmamaktadır. Bu avantajlarının yanısıra dizileme maliyetleri yüksek olduğu için çalışmaların maliyeti yüksektir. Elde edilen verilerin analizi ise detaylı bilişim bilgisi gerektirmektedir.

Bu verilerin analizi ve analizde kullanılan araçlar konsundaki bilgilere daha sonra yazacağım yazılarda yer vereceğim.

Osman



Hiç yorum yok:

Yorum Gönder