Ekzon İndirme Aracı

Herkese Merhaba, 

Son yazımdan bu yana oldukça uzun zaman geçmiş. Hem okul hayatım hemde iş hayatım yüzünden yazmaya pek fırsatım olmadı. Önümüzdeki süreçte yazı sayısını arttırmayı düşünüyorum. İstediğiniz konuları yorum kısmında belirtirseniz onlara da yer vermeye çalışırım. Bu yazımda geliştirmiş olduğumuz bir web aracından bahsedeceğim.

İnsan genomu üzerinde çalıştığımız süreç içerisinde genlerin ekzon dizilerine ihtiyacımız oluyordu fakat ihtiyacımız olan genin tüm ekzon dizisi değil en büyük transkriptinin ekzonlarıydı. Bunları hazır olarak bulup indirebileceğimiz bir çok veritabanı bulunmaktadır ancak hem bu veritabanları oldukça karmaşık hemde istediğimiz diğer işlemleri yapamamaktalar. Bizim çalışmadaki amacımız bu ekzonlara primer tasarlamaktı ve iki ekzon birbirine yakınsa bunları tek bir ekzon gibi düşünüp onları birleştirmek istedik. Tam olarak yapmak istediğimiz şey aşağıdaki resimde görüldüğü gibiydi.

Peki bu ekzonların birbirine yakın olup olmaması neye göre belirleniyor? Eğer ekzonun tamamını çoğaltmak istiyorsak primerlerimiz ekzonun dışında yer almalı. Böylece iki primer arasında kalan ekzonu çoğaltabiliriz. Bu nedenle ekzonların başında ve sonunda primer tasarlanabilecek alanlara ihtiyacımız vardı. Biz de ekzonların öncesinde ve sonrasındaki bölgelerden istenilen büyüklükte alanları ekzonlara ekledik. Eğer iki ekzon arasındaki mesafe ekzonun başında ve sonunda bırakmak istediğimiz boşluğun iki katından daha küçükse ekzonları birleştirme kararı aldık. Eğer mesafe bırakmak istediğimiz boşluğun iki katından daha küçükse bunları birleştirmeden iki ayrı parça olarak ayırmaya karar verdik.

Bunu bir örnekle açıklayacak olursak. Örneğin iki ekzon arasındaki mesafe 450 baz. Biz ekzonun başında ve sonunda 250 bazlık bir boşluk istiyoruz. Bunun 2 katı olan 500, 450'den büyük olduğu için bunları birleştirerek tek bir ekzon elde etmeliyiz. Eğer biz 150 baz boşluk isteseydik 300, 450'den küçük olduğu için bunu iki ayrı ekzon olarak elde etmeliyiz.

Yukarıda anlatılan mantıkla çalışan bir sistem geliştirdik ve daha sonrasında herkesin kullanabileceği online bir araca çevirdik. Eğer kullanmak isterseniz bu araca buradan ulaşabilirsiniz. Birden fazla gen indirmek isterseniz bunu ",(virgül)" ile ayırarak sisteme girebilirsiniz. Unutmadan geliştirdiğimiz araç şuan sadece insan genleri için hizmet vermektedir. Yararlı olması dileğiyle.

Osman