16 Şubat 2017 Perşembe

BLAST Nedir?

Yazılarımın okunma sayısına ve bana gelen sorulara baktığımda temel konuların daha ilgi çektiğini gördüm. Bu yüzden bundan sonrasında daha temel konularda yazı yazmayı planlıyorum. Sizler de merak ettiğiniz konuları yorum atarak ya da buradaki facebook sayfasından mesaj atarak sorabilirsiniz elimden geldiği kadar o konularda yazı yazmaya çalışacağım.

BLAST NCBI bünyesinde yer alan proteinlerin aminoasit dizlerini veya DNA dizileri gibi biyolojik dizi bilgilerini karşılaştırmak için kullanılabilecek bir algoritmadır. Ne işe yaradığını bir örnek ile açıklamak daha iyi olacaktır. Çok büyük bir kütüphanede olduğunuzu hayal edin. Bu kütüphanede milyonlarca kitap var. Sizin elinizde ise bir cümle var ve bu cümlenin benzerinin ya da tamamen aynısının geçtiği kitapları ve ilgili sayfaları bulmak istiyorsunuz. Bunu yapmak neredeyse imkansız fakat BLAST bunu sizin için yapıyor. İlgili dizi ile birlikte algoritmayı çalıştırdığınız zaman hangi canlılarda olduğunu, ilgili bölümlerin pozisyonlarını ve benzerlik derecesini öğrenebilirsiniz. Tabi bunu yaparken sadece o kütüphanede bulunan kitaplar içerisinde arama yaptığınızı unutmamanız gerekli.

BLAST istenilirse bilgisayarınıza indirilip yerel olarak çalıştırılabilen bir yazılımdır. Bu kısım biraz daha teknik bilgi gerektiriyor bu yüzden çok fazla anlatmayacağım. İsteyenler BLAST'ı buradan indirebilir. Bilgisayarınıza kurduktan sonra öncelikle kendi kütüphanenizi yapmanız gerekli yoksa kitap olmayan bir kütüphanede cümle aramaya çalışırsınız. Yerel olarak çalıştırmak isteyenler için burada dökümantasyonu bulunmaktadır.

Temeli 1980'lerde geliştirilen bir algoritmaya dayansa da günümüzde en sık kullanılan hizalama algoritması BLAST'dır. Moleküler biyoloji alanında bir çok amaç için kullanılmaktadır. Örneğin farklı canlılarda benzer olan genleri bulabilirsiniz. Farede ne işe yaradığını bilmediğiniz bir geni BLAST yaparak arayabilirsiniz. Belki başka bir canlıda benzer bir gen vardır ve görevi bellidir. Bu sayede genin görevi hakkında bilgi sahibi olabilirsiniz.

Günümüzde çok daha hızlı ve benzer işleri yapan algoritmalar bulunmaktadır. Tabi algoritmaların hızlanması ile birlikte başka sorunlar ortaya çıkabiliyor. Onlar için sık kullanılan bir online araç olmadığı için bahsetmeyeceğim. Bu yüzden günümüzde hala en çok BLAST kullanılmaktadır. BLAST'a buradan ulaşabilirsiniz.


Hiç yorum yok:

Yorum Gönder