15 Eylül 2016 Perşembe

Amplikon Görüntüleyici

Eğer Multipleks PCR yapmak istiyorsanız primer tasarımı oldukça zordur. Primerlerin birbirleri ile uyumlu bir şekilde tasarlanması bu işin en zor kısmı iken bunların bulunduğu yerleri ayarlamak ve istenilen bölgelerin hepsini içermesini sağlamak ayrı bir sorundur. Bugün bunlardan ikinci soruna yönelik kendi geliştirdiğim bir araçtan bahsedeceğim.

Gerçekleştirdiğimiz proje için Multipleks PCR primerleri tasarlamamız gerekiyordu. Tasarladığımız primerlerin fazla yada eksik bölge içerip içermediğini anlamak için sürekli el ile görselleştirme yapıyorduk. Bu yöntem hem hataya çok açık hem de uzun zamanlar alan bir yöntemdi. Bu sebeplerden dolayı D3.js ile geliştirilmiş bir amplikon görüntüleyici yapmaya karar verdik. Bu hem hata ihtimalini ortadan kaldıracaktı hem de zaman sorununu sona erdirecekti.

Uygulamayı ilk başta kendi kullanımımız için yapmıştık fakat bizim dışımızda da birilerinin işine yarayabilir diye herkesin kullanabileceği bir hale getirdim. Yazılım şuan sadece JSON formatında verileri kabul ediyor. JSON formatının taslağını yazılım içerisinde verilen örneğe bakarak görebilirsiniz. JSON formatının ne olduğunu bilmiyorsanız burayı okuyabilirsiniz. Eğer hala size karışık geldiyse yazılımda bulunan örnek içerisinde değişiklikler yaparak kullanabilirsiniz. JSON formatı içerisinde primerleri tasarladığınız gen/bölge sekansı, primer dizileri ve primerlerin kaçıncı tüp içerinde olduğu (eğer primerleri tek tüp içerisinde çalışacak şekilde tasarlamışsanız hepsi 1 olmalı. Fakat birden fazla tüp varsa tüpleri 1 den başlayarak numaralandırarak primerlerin hangi tüplerde olduğu yazılmalı.) bilgileri yer almalıdır. Aynı zamanda çoklu multipleks setleri aynı anda girilebilir ve karşılaştırmaları yapılabilir.

Eğer yazılım çalışmazsa oluşturduğunuz JSON formatında hata olma ihtimali çok yüksek. Bu nedenle JSON formatınızın doğruluğunu buradan kontrol etmeniz iyi olacaktır. Bunun dışındaki hatalarda bölge sekansında hata olma ihtimali yüksektir. Gerekirse bu yazıya yorum yaparak benden daha detaylı bilgi alabilirsiniz. Amplikon görüntüleyici'ye buradan ulaşabilirsiniz. Sistemden kaynaklı hatalarda geri bildirimde bulunmanız bizim için çok faydalı olacaktır. Yeni yazılarda görüşmek dileğiyle.

Hiç yorum yok:

Yorum Gönderme