ODTÜ Biyoenformatik Kursu 2.Gün

Bu gün kongrede iki konuşma vardı. Sabah 10 da başlayan programda ilk konuşmada OTDÜ Bilgisayar Mühendisliği’nden Yrd. Doç. Dr. Tolga Can’dı. Kendisi bize genel olarak biyolojik ağ veri tabanlarından bahsetti. Bu ağların ne kadar karmaşık olduğunu ve yazı yerine görsel olarak ifade etmenin daha kolay ve anlaşılır olduğundan bahsetti. Tabi biraz temelden alarak önce biyolojik ağlar nedir? Sorusunun cevabını anlattı. Daha sonra bu ağlara örnek vererek bunları elde edebileceğimiz Pajek ve Cytoscape gibi Tool’lardan bahsetti.

Dersin uygulama kısmında ise içerisinde karmaşık bir ağ barındıran veriyi düzenleyerek Pajek’ de görüntülemeye çalıştık. Veriyi ilk olarak filtrelemek gerekiyordu. Bu işlemi C kodu yazarak yaptık. Ama kişisel görüşüm Python kodu yazmak çok daha basit ve kolay. Daha sonra bu veriyi Pajek’in okuyabileceği bir formata çevirerek görüntüleme işlemini yaptık ve bir network elde etmeyi başardık.

Bu uygulama sırasında yine terminal kullanımının önemini bir kez daha gördüm. Eğer programlama öğrenecekseniz kesinlikle terminal kullanmayı öğrenmeniz gerekiyor. Aynı zamanda yine Python dilinin yaptığımız bu tarz işlemlerde çok daha faydalı olduğunu söyleyebilirim.

Günün ikinci konuşmacısı Genkök’de Biyoinformatik biriminde görevli olan aynı zamanda bu yaz katıldığım staj programının koordinatörü olan Ahmet Raşit Öztürk’tü. İlk olarak bize görüntülemenin önemini gösteren 4 hikaye anlattı. Bunların hepsi görüntülemenin, çok ama çok karmaşık olan verileri saniyeler içinde insan beyninin anlayabileceği formata getirdiğini anlatıyordu. Aslında Tolga Hoca’nın sabah yaptığı sunumdan bu konunun anlatılması çok güzel olmuş. Anlattığı dört hikaye ile bizi görüntülemenin ne kadar önemli olduğuna inandıran Ahmet Raşit Hoca daha sonra aslında kağıt üzerindeki iki boyutlu görüntülerin de bir çok dezavantajının olduğundan bahsettikten sonra bizi yepyeni bir dünya olan etkileşimli grafiklerle tanıştırdı. Fare’yi üzerine getirdiğinizde yazılar çıkan yada belli yerlere odaklanmanızı sağlayan bir çok şey yapabileceğiniz etkileşimli grafiklerden bahsederek sunum kısmını tamamladı.

Uygulama kısmında ise ilk olarak bir HTML dosyasından bahsetti ve bir HTML dosyası oluşturduk. Daha sonra ekrana bazı yazılar yazdırarak asıl amacımız olan bir etkileşimli grafik yapmaya çalıştık. Tabi bunu sıfırdan yapmak oldukça zor ve bu alanda bilgi isteyen bir konu. Bu yüzden hazır kod kullanarak bir Chord Diagram yaptık. Üzerinde bazı oynamalar yaparak nasıl değişikliklere yol açtıklarına baktıktan sonra uygulama kısmını da bitirdik.

Bu konuşma ve uygulamada kesinlikle aklımızda kalması gerekenler ise etkileşimli grafiklerin hazır kodlarına ulaşabileceğimiz bir sitesinin olması. Hatta bazılarını hiçbir programlama bilgisi bilmeden bile kullanabiliriz. Bunları incelemek için siteye buradan ulaşabilirsiniz. Bunun dışında eğer bir şeyler öğrenmek isterseniz HTML&CSS öğrenerek başlamak oldukça iyi bir fikir olacaktır. Online HTML&CSS derslerine buradan ulaşabilirsiniz. Son olarak Ahmet Raşit Hoca'nın D3 hakkında yazdığı son yazısına buradan ulaşabilirsiniz.