28 Eylül 2014 Pazar

ODTÜ Biyoenformatik Kursu 1.Gün

Herkese merhaba

Kısa bir aranın ardından yine yazma fırsatı buldum. Bu aralar çok sık yolculuk yaptığım için yazmak için fırsat bulamadım. Ama aradaki eksik yazıları tabi ki tamamlayacağım. Kısa bir süreliğine Python derslerine ara vermeyi düşünüyorum. Bu hafta size yazamadığım süre içinde neler yaptığımı hatta katıldığım ODTÜ Biyoenformatik Kursu’ndan bahsedeceğim. OTDU’nün bu sene ikincisini düzenlediği biyoenformatik kursu oldukça keyifli ve eğlenceliydi. Biyoinformatik alanında Türkiye’nin en iyilerinden oluşan konuşmacılarını dinlemek ve onlarla konuşabilmek için çok iyi bir fırsat olduğunu söyleyebilirim. Eminim Biyoinformatik alanına merakı olanlar bu kongrede neler anlatıldığını ve nerelerin önemli olduğunu merak ediyorlardır. Bende bunu merak eden fakat oraya gidememiş olanlar için buradan kongrenin önemli kısımlarını anlatmaya çalışacağım. Kurs programı gibi bilgilere buradan ulaşabilirsiniz.

Açılış konuşmasını bir çok insanın iyi tanıdığı Prof.Dr.Mahinur Akkaya yaptı. Konuşmasında bize hoş geldiniz derken Biyoinformatiğin öneminden de fazlaca bahsetti. Onun bu güzel konuşmasından sonra kurs basladı.

İlk konuşmacı  ODTÜ’de Biyoinformatik Departmanında görevli olan Yrd. Doç. Dr. Aybar Can Acar’dı. Kursta bize “RNA-seq expression”, Veri çıkarımı üzerine bir sunum yaptı. Sunumunda Microarray yönteminden fazlaca bahsetti. Bu yöntemin nasıl çalıştığını ve nasıl analizini yaptığından kısaca bahsetti. Tahmin edebilirsiniz ki oldukça önemli konular ve 4 saat gibi bir süre içerisinde hem konu anlatıp hem de uygulamasını yapmak oldukça zor. 

Uygulama aşamasında ise aldığımız verileri anlamlı hale getirmeye çalıştık. Bunu yaparken Windows’un bu işlem için elverişiz olması nedeniyle Linux tabanlı bir işletim sisteminde çalışmamızı yaptık. Yaptığımız uygulamadan çok benim bir şey dikkatimi çekti. Biyoinformatik öğrenmek istiyorsanız Terminal kullanımını kesinlikle bilmeniz gerekiyor. Sırf bu yüzden bir çok insan oldukça zorlandı. Özellikle bu konuşmadan bir ders çıkarılması gerekiyorsa bence bu kesinlikle Terminal kullanımını öğrenmek olmalı.

Günün son konuşmacısı ise Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü’nde görevli olan Yrd. Doç. Dr Bala Gür Dedeoğlu idi. Konuşmasında bize GeneCodis, Webgestalt ve KEGG gibi veri tabanlarından, Microarray yönteminden ve Eş zamanlı RT- PCR (qRT- PCR)’dan bahsetti. Sunumunda özellikle üzerinde durduğu konu qRT- PCR oldu. Bununla mRNA seviyesini nasıl ölçüldüğünden bahsetti.


Uygulama kısmında ise elimizde veri olmadığı için bizler fazla bir şey yapamadık. Yukarıdaki siteler nasıl kullanılır onlara baktık. Siteleri inceledikten sonra mRNA seviyesinin qRT-PCR ile ölçümünün analizlerini yaptık. Ve daha sonra Excel’de t-testi uygulaması yaparak günü bitirdik. 

Hiç yorum yok:

Yorum Gönderme