ODTÜ Biyoenformatik Kursu 3.Gün

İki gün o kadar çabuk geçti ki ne ara son güne geldik anlamadım. Sanırım hem ODTÜ’ nün ortamı hem de konunun Biyoinformatik olması zamanın oldukça hızlı geçmesini sağladı. ODTÜ’yü çok sevdiğimi söylemelim. Yine program saat 10 da başladı. Bu gün de iki konuşmacımız vardı.

İlk konuşmacımız ODTÜ Enformatik Enstitüsü’nde görevli olan Yrd. Doç. Dr. Yeşim Aydın Son’du. Kendisi ile daha önce yaz stajı programındayken skype görüşmesi yapma fırsatımız olmuştu bu yüzden konuşmasının benim için ayrı bir önemi vardı.

Sunumunun başlığı “Genotipleme, Genom İlişkilendirme Çalışmaları ve SNP Önceliklendirmesi” idi. Kısaca kendinden bahsettikten sonra genomik varyasyonlardan bahsetti. Daha sonra SNP’lerin genel özelliklerinden bahsederek bazı hastalıklar üzerindeki etkilerini anlattı. Kısaca SNP’lerin çok önemli olduğunu ve bunların biyoinformatik analizleri ile birçok soruna ışık tutabileceğimizi söyledi. Bu analizler için kullanılabilecek PLINK, SnpNexus, GWAScentral, SPOT, SNPLogic, METU- SNP gibi Tool’lardan bahsetti. Bunların içinde en çok Harvard’ın yapmış olduğu PLINK üzerinde durdu.

Dersin uygulama kısmında ise bu Tool’ları inceledik. Basit bir analiz yapmak istersek nasıl yapabiliriz ve dahası bir şey yapmak için hangi Tool’u kullanmalıyız. Hangisi diğerine göre daha avantajlı olabilir. Bu konuda oldukça faydalı bir uygulama oldu.

Eğitimin son konuşmasını ise Başkent Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü’nden Doç. Dr. Hasan Oğul yaptı. Konuşmasında bize Perl dilini anlattı. Ekrana bir mesaj yazdırma işlemi ile başlayan sunumda aritmetik işlemler, dizgi(string) işlemleri, if-else kalıbı ve fonksiyonlar gibi birçok konuyu kısa bir sunumda görmüş olduk. Tabi bir saat onbeş dakikalık sunum bir dili öğrenmek için imkansız bir süre olsa da Perl dili ile neler yapabileceğimizi görmüş olduk.

Bu sunum ile birlikte bende Python ve Perl dilini karşılaştırma fırsatı buldum. İkisinin de birbirine  çok benzeyen diller olduğunu gördüm. Ama bence Python daha kolay ve anlaşılır bir dil. Şunu da bilmek gerek Perl dili artık eskimeye başladı bu yüzden Python şu an kullanım için daha elverişli =).

Bu sunumdan sonra eğitim bitmiş oldu. Eğitim yeni başlayanlar için bir fikir edinmesi bakımından oldukça faydalı bir eğitim olduğunu söyleyebilirim. Her ne kadar kısa sürmüş olsa da bazı şeylerden haberdar olmak adına çok faydalıydı. Birçok insanla tanışma fırsatı da bulmuş olduk. Bu da oldukça güzel bir yanıydı. Bunların yanı sıra yaz boyu yapmış olduğumuz staj da resmen bitmiş oldu. Birbibarinden şarılı ve birbirinden iyi birçok insan ile gece gündüz vakit geçirdikten sonra ayrılık vakti gelmişti hepsine her şey için tekrar tekrar teşekkür ediyorum. Son olarak topluca çekildiğimiz fotoğraf ile size veda ediyorum. Bir sonraki yazımda görüşmek üzere.